Typickým črevným bakteriálnym lipidom A sú 1,4-difosfát-P 1,6 viazané glykozaminodisacharidy ako hlavný reťazec a spojené 3-hydroxy mastné kyseliny alebo 3-acylkarboxylové zvyšky s amidovými a esterovými väzbami. Táto štruktúra nie je spoločná pre všetky gramnegatívne baktérie. Najmä s vyššie uvedenými štruktúrami sa často nestretávame v rodinách, ktoré sú ďaleko od koliformných baktérií, ako je Bradyrhizobia.

Najprv bola štruktúra odvodeného lipidu A považovaná za "abnormálny" typ lipidu A a teraz je premenovaná na variant lipidu A. Napríklad Thiobacillus, Rhizobiaceae, Nitrobacter, Brucella, Chromatim Party, Chlorobium N ad son atď. Sú zrejmé zmeny v štruktúre skeletu LPS a v jeho substitúcii. Variant lipidu A má prechodný typ (alebo transformovanú) formu, u Rhodobacter sphaeroides je iba časť amidovo viazanej 3-hydroxy mastnej kyseliny nahradená kyselinou 3-oxymyristovou. Ako lipid, polysacharid skeletu A, glykozamín pigmentovaných baktérií je vždy sprevádzaný malým množstvom 2,3-diamino-2,3-dideoxy-D-glukózy (DAG).

DAG existuje iba v lipidovom A kostrovom cukre. Derivát urónovej kyseliny 2,3-diamín-2,3-dideoxhexózy bol opísaný ako bakteriálny antigén (O reťazec) rôznych sérotypov Pseudomonas aeruginosa.

3- kyselina oxymyristová: Prítomnosť kyseliny 3-oxymyristovej bola prvýkrát hlásená v baktériách Listenella anguillarum a erytroidných baktériách. Teraz možno pozorovať všetky druhy a kmene gramnegatívnych baktérií α-3 vetvy.

Endotoxín s najvýznamnejším biologickým účinkom je heterogénny LPS, ktorý sa často používa ako štandard na testovanie bunkovej reakcie a výskum terapeutického účinku. Jeho biologická aktívna časť lipidu A je zložená z β-1,6 zloženého z D-glukozamín disacharidu a šiestich nasýtených mastných kyselín a dvoch negatívne nabitých fosfátových radikálov. Zmeny v usporiadaní týchto štruktúr, ako je zníženie počtu nábojov, redukcia mastných acylových skupín, zmena distribúcie mastných acylových reťazcov a stupeň nasýtenia mastných acylových skupín, môžu viesť k poklesu ich biologického činnosti. Ukazuje, že zmena primárnej štruktúry endotoxínu nevyhnutne ovplyvní jeho fyzikálno-chemický účinok. Seydel a kol. potvrdili, že stereoštruktúra LPS v endotoxíne úzko súvisí s jeho biologickými účinkami. Rôzne trojrozmerné štruktúry môžu vyvolať rôzne efekty. Všeobecne povedané, kónická priestorová štruktúra často vedie k aktivačnému účinku buniek, zatiaľ čo valcová priestorová štruktúra LPS je často antagonistom endotoxínu na inhibíciu aktivácie buniek.