Lipopolysacharidový neutrálny roztok možno skladovať pri izbovej teplote niekoľko mesiacov a jeho biologická aktivita sa výrazne nemení. Ak sa skladuje pri teplote 4 ℃ alebo v chladničke pri nízkej teplote, jeho biologická aktivita môže zostať nezmenená niekoľko rokov až desaťročí. Suchý lipopolysacharidový neutrálny prášok možno skladovať pri izbovej teplote alebo v chladničke po celé desaťročia alebo dlhšie bez straty svojej biologickej aktivity.

Keď sa lipopolysacharid umiestni do kyslého roztoku pri teplote miestnosti, jeho molekuly podliehajú čiastočnej degradácii. Táto zmena zahŕňa najmä štiepenie glykozidových väzieb medzi polysacharidom a lipidom A a štiepenie lipidových A1-glukozidových väzieb. Zahrievanie môže podporiť túto reakciu. Silný roztok kyseliny môže za podmienok zahrievania úplne zničiť lipopolysacharid.

Alkalické faktory majú veľký vplyv na molekuly lipopolysacharidov, hlavne na molekuly lipidu A. V tomto čase sa 4-fosfátová esterová väzba na kostre lipidu A a esterová väzba mastnej kyseliny na pozíciách 3 a 3 ľahko zničia, čo môže spôsobiť štiepenie molekuly. V tomto čase degradované molekuly strácajú svoju typickú endotoxínovú aktivitu. Lipopolysacharidy môžu byť v silne alkalických podmienkach úplne zničené.